La baia di Naxos fu abitata sin dal Neolitico dall’indigena popolazione dei Siculi, la quale venne sottomessa nel 734 a.C. da un gruppo di abitanti di Calcide, nell’isola di Eubea, guidati dal condottiero Teocle. L’insediamento greco, il primo in Sicilia, venne stanziato nei pressi dell’attuale torrente S. Venera e divenne in breve tempo una delle più importanti metropoli della Magna Grecia.
Le fonti antiche ricordano la presenza di un celebre santuario dedicato ad Apollo Archegete “protettore dei coloni”da parte dei primi fondatori della città, il quale divenne nel tempo meta di numerosi pellegrinaggi.
La popolazione era dedita all’agricoltura, alla pesca, al commercio con la madrepatria e le altre città dell’isola, ma soprattutto alla produzione di finissime ceramiche. Tale dato è testimoniato dall’ingente quantità di vasi in terracotta emersi durante gli scavi e dalla presenza di numerose fornaci all’interno delle mura urbane.
Benché la sua estensione rimase sempre territorialmente limitata, la sua importanza è stata sempre riconosciuta quale punto di riferimento per le spedizioni dirette alla fondazione di nuovi insediamenti quali quelli di Lentini e della stessa Catania.
Naxos vantò, inoltre, una delle più antiche e prestigiose zecche della Sicilia, attiva sino ad epoca bizantina.
Il declino avvenne a causa degli scontri con Siracusa e culminò con la distruzione della città per mano del tiranno Dionigi nel 403 a. C.
Gli abitanti, fortemente provati, trovarono rifugio nel più sicuro e protetto monte Tauro, l’attuale Taormina, ove si stanziarono definitivamente per lunghi secoli.
Da quel momento in poi, le fonti riportano notizie assai frammentarie, eccezion fatta per lo scontro navale tra Ottaviano e Sesto Pompeo nel 36 a. C.
L’antica Naxos, infatti, si ridusse ad essere per i secoli successivi un piccolo approdo e borgo di pescatori.
Solo a a partire dalla metà dell’Ottocento vi è stata la rinascita del paese, il quale, grazie, all’opera dell’abate Cacciola, si emancipa da Taormina e costituisce nuovamente e definitivamente un comune autonomo nel 1847.
Nel 1861, Giardini ospita Garibaldi nell’ultima tappa siciliana sino alla partenza per la conquista dell’intera Penisola.
Ed è proprio in questi anni che comincia a svilupparsi la notorietà di Naxos e Taormina quali mete obbligate del Grand Tour.
Personaggi illustri, imperatori e celebrità iniziano a popolare la baia, facendo esplodere una nuova economia: quella turistica.
Vittima di pesanti bombardamenti e devastata da un’alluvione, Giardini Naxos assume le caratteristiche che oggi possiamo apprezzare solo dal secondo dopoguerra in poi.
Il tracollo dell’economia rurale e soprattutto del prezzo degli agrumi, obbliga i cittadini a puntare sul turismo. Il boom economico degli anni Sessanta porta così benessere e sviluppa l’abitato con nuovi quartieri ed imponenti strutture ricettive.
Il resto è storia d’oggi.